A gyökérkezelés a fog megtartása érdekében történik. Az eljárás során a fogban lévő ideget vagy annak maradványait szükség esetén körülötte lévő fertőzött szöveteket eltávolítjuk, a gyökércsatornát biológiai, kémiai, mechanikai úton előkészítjük, a gyökértöméshez. Élő fogak esetében a kezelés helyi érzéstelenítésben történik, míg elhalt fogak esetén szükségtelen az érzéstelenítés.
Ezek a beavatkozások több ülésben történnek, komplikáltabb esetekben a fertőzöttségtől függően akár hat hónapig is eltarthatnak. Az egyes kezelések során a gyökércsatornát vagy csatornákat gyógyszeresen kezeljük, valamint a fogat ideiglenes töméssel zárjuk le. Amint a gyulladás megszűnik, az elváltozás meggyógyul a csatornát vagy csatornákat véglegesen tömjük, majd ezt követően az utolsó lépésben a fog helyreállítását végezzük el.
A beavatkozások előtt, közben és a végén röntgenfelvételeket készítünk. A gyökérkezelés sokszor a legnehezebb fogorvosi feladatok egyike. Minden gyökér más anatómiai adottsággal rendelkezik (pl.: a görbe gyökér, a megszokottnál több gyökércsatorna…), ezért a fogorvosnak a legjobb tudását kell adni de a siker sajnos nem garantált. A kezelések alatt és után fájdalom, duzzanat, láz léphet fel, ha ez néhány nap alatt nem enyhül, konzultálnia kell a fogorvosával.
A gyökértömés sikeressége 3 év követés után állapítható meg. Minden gyökértömött fogat panaszmentesség esetén is szükséges rendszeresen kontrollálni.
Gyakran a gyökérkezelést kiegészítheti a gyökércsúcs és a felhalmozódott gyulladásos szövetek eltávolítása sebészi úton a sikeres végeredmény érdekében.