A szájüreg számtalan baktérium otthona, amelyek különböző betegségek okozói lehetnek. A szájsebészeti beavatkozások, az ínygyulladásos betegségek, a szuvas, elhalt fog azzal a veszéllyel járhatnak, hogy az ezeket kiváltó, vagy a kezelés után elszaporodó bacik a véráramba kerülnek, azaz bakteraemia alakulhat ki, így máshol léphet fel betegség, amelynek oka a szánkban kereshető. Számos kutatás bizonyította, hogy a klórhexidin nyálra, lepedékre kórokozó-ellenes hatással bír, de a megelőzésben csak csekély mértékben vesz részt. Foghúzás, vagy egyéb szájsebészeti beavatkozások előtt, illetve után a fogorvos javaslata alapján hasznos a klórhexidines öblögetés a javasolt ideig, de tartós használata indokolatlan. Mint ismert, elszínezi a fogakat, amely természetesen eltávolítható dentálhigénikus kezeléssel, zsibbasztó hatása miatt ízérzés romlást lehet használata során tapasztalni, amely az öblögetés elhagyása után néhány nap múlva elmúlik ugyan, de kellemetlen mellékhatás.
Tartós használata tehát nem javasolt, csak fogorvosunk kifejezett javaslata alapján, a megadott ideig és koncentrációban indokolt a klórhexidines öblögetés.
